Děkuju za odpovědi. Zkusil jsem nabootovat do nejstaršího dostupného jádra (5.10.14-200), bez výsledku. Zkusil jsem vytvořit nového usera komplet v českém prostředí, pořád tečka. Zjistil jsem, že /usr/share/X11/xkb/symbols/cz vůbec neřeší numerickou klávesnici. V /usr/share/X11/xkb/symbols/keypad, který ji řeší, jsem víceméně metodou pokus/omyl zkoušel měnit u klávesy KPDL v sekcích, kde bylo na prvním místě KP_Delete nebo KP_Decimal toto na comma, bez jakéhokoli úspěchu. Problém vyřešilo přemapování klávesy 91 přes xmodmap.